GDI - Global Defence Initiative datuje začiatok svojho vzniku do roku 1966 ako špeciálna skupina pracujúca pod Spojenými Národmi a zasahujúca na všetkých miestach, kde diplomacia zlyhala - ako studená vojna alebo stredný a ďaleký východ. Teda bojuje proti zlým chlapcom na druhej strane. Oficiálne boli uznaní za organizáciu až v roku 1995 a k rozmachu im paradoxne pomohli NODovia ich terroristickými útokmi, proti ktorým nasadzovali svoje špeciálne komandá DEAD6.  Momentálne sú ich najväčší nepriatelia,  ktorých musia zastaviť skôr, ako ovládnu svet.

NOD - Brotherhood of Nod je druhá strana, vedená charizmatickým Kaneom, ktorého megalomanstvo nesmeruje k ničomu menšiemu ako k ovládnutiu sveta. Nodovia vznikli ako malá kriminálna skupina, z ktorej prerástli do gigantickej teroristickej organizácie.  Momentálne majú státisicky verných spolupracovníkov a vedcov po celkom svete. Hlavným bodom na programe NODov sa stalo tibérium, ktorého pôvod a silu musia bezpodmienečne objaviť pre totálne ovládnutie sveta. Nodovia majú pod sebou množstvo frakcií a jednou z nich je aj špeciálna teroristická Black Hand, s ktorou tu spoznáte z blízka.

V hre sa dostanete do postavy elitného vojaka Havoca, ktorého GDI nasadzuje len keď je situácia beznádejná. Má vlastné metódy a zvyk ignorovať rozkazy, so svojou odvahou, taktikou a silou však vydá za celú armádu. Pri svojej poslednej akcii narazil v NODovskom tábore na dokumenty, naznačujúce ich najnovšie pokroky v tibériových zbraniach a vyzerá to tak, že sú len na krok od realizácie superzbrane. Medzitým NODovská elitná skupina Black Hand uniesla experta na tibérium a geniálneho vedca GDI doktora Mobiusa, jeho dcéru Sydney a doktorku Elenu Petrovu, aby im pomohli so zničujúcim projektom tibériových vojakov. Ak by sa im to podarilo GDI a svet sú stratené.

Príbeh je dosť podobný Wolfensteinovi, tu tiež Nodovskí vedci vyvíjajú superčloveka, s ktorým chcú vyhrať vojnu. Tentoraz však zmutovaného tibériom. Vy im v tom musíte zabrániť a zastaviť ich. Levely sú tiež prostredím a kultúrou podobné druhej svetovej, kde NODovia predstavujú niečo ako nacistov žijúcich v ideológii, že oni sú tí dobrí a musia ovládnuť a zachrániť svet. Po stenách im všade visia Nodovské znaky, portréty Kaneho, rozhlas im každú chvíľu opakuje základné heslá a okrem dobre opevnených pevností majú aj hrady s tajnými laboratóriami. Dokonca sa v hre dostanete aj do podzemných chodieb, kde žijú zmutovaní tiberiani, ktorí bojujú nielen proti vám, ale aj proti vlastným stvoriteľom (podobne ako vo wolfovi).

 Po prejdení tréningového kampu na vás čaká rôznych 12 misií s asi 100 rôznymi  úlohami. V hre nečakajte žiadne strategické záležitosti, zoberiete si len zbrane a idete do boja. Budete ničiť nepriateľov, transporty, harvestre, infiltrovať a eliminovať budovy - elektrárne, rafinérie, budete používať jednotky známe zo strategickej série - nodovské bugginy, light tanky, stealth tanky atď... Jednoducho prenesiete sa do úlohy komanda zo strategickej série, dostávate rozkazy, ktoré musíte splniť, upozornenia. A aj posily, keď to velenie uzná za vhodné. Ostatné je len na vás. V misii máte niekoľko primárnych, sekundárnych a vedľajších úloh, z ktorých sa musíte sústrediť hlavne na primárne. Ostatné sú aj tak väčšinou po ceste a za ich splnenie dostávate lepší bojový rating, takže sa oplatia zničiť. Celkovo máte k dispozícií asi zo 20 rôznych zbraní od pištolí, cez samopal, sniperku, rotačák, raketomet, plameňomet, rôzne tibériové zbrane, laserové nodovské zbrane a samozrejme C4 nálož na likvidáciu budov a vozidiel. Teda celkovo dosť. Škoda, že je taký nedostatok nábojov, ale aspoň vás prinúti používať rôzne zbrane. Zbraní je viac typov na rôzne taktické účely a každá je vhodná na iných nepriateľov, napríklad tibériové monštrá nikdy neničte tibériovými zbraňami, tým im len doplníte energiu, podobne nemáte šancu s pištolou alebo sniperkou prestrieľať sa cez pancier vozidiel.  Menšie budovy môžete odpaľovať s C4 náložami alebo raketometom, ale väčšie musíte vždy zničiť zvnútra, kde im zničíte ovládací panel. Najčastejšie v hre použijete rýchlopalné zbrane, buď rotačák alebo laserový kanón. Hra je jednoducho moc rýchla na pomalšie zbrane a tým dosť upadá moja obľúbená sniperka, ktorú som tu mohol používať len výnimočne. Totižto buď bolo okolo veľa vojakov a nemohol som zameriavať alebo ten, koho som chcel odstreliť, mal raketomet a to som sa už radšej pratal preč a vyberal rýchlejšiu zbraň. Mimochodom, hra má spravený aj hitpoint systém, čiže vojak má určité zóny, kde mu streľba berie viac energie. Teda napríklad, keď strieľate do hlavy alebo iných citlivých oblastí, zničíte nepriateľa rýchlejšie, špeciálne to platí napríklad pri Chem Sprayeroch, ktorým stačí jeden pekný náboj do ich červenučkej prilby a už sa zmietajú vo výbuchu toto ich chemického svinstva. 

Okrem zbraní si vždy na misiu beriete aj svoju komunikačnú EVA jednotku, ktorá vám okrem polohy cieľov udáva aj vašu energiu, pancier a máte tam aj malý radar. Plus si v nej môžete otvoriť podrobnejšie informácie, kde nájdete detaily o všetkých jednotkách, budovách a zbraniach v misii, trochu neprehľadnú mapu už prejdeného územia a všetky splnené aj nesplnené úlohy.

Čo sa týka levelov, síce ich nie je veľmi veľa, ale sú rozľahlé a rozmanité. Na každý si rezervujte aspoň hodinu, hodinu a pol času. Celkovo vám prejdenie bude trvať asi týždeň hrania. Si zoberte, že taká väčšia mapa vám trvá zo 15-20 minút, kým ju len krížom prejdete a to nehovorím o kadejakých kľučkách a nových úlohách, ktoré vás popreháňajú cez mapu aj niekoľko krát. Prostredia budú dosť rôzne, budete bojovať na ostrovoch, kde si vychutnáte plážový útok (Wolf rulez), uvidíte Nodmi okupovanú dedinu (a následne aj atómovým výbuchom zdemolovanú) podobnú Snipers Townu v Medali, poplavíte sa  na námornej lodi, ktorú vyčistíte od strojovne až po kapitánsky mostík a na pevnine zase zdemolujete aj pár Nodovských základní a ku koncu vás čaká spadnuté UFO a odhalenie zdroja sily Nodov. V každom leveli splníte niekoľko úloh, ktoré vám priebežne pribúdajú a  komentami vám ich vaši navigátori oznamujú spolu s aktuálnym stavom boja, prichádzajúce posily alebo nebezpečenstvá pre prichádzajúce jednotky, ktoré musíte odstrániť, napríklad Sam site, aby mohla prísť vzdušná podpora. Pár krát dostanete levely, v ktorých musíte chrániť určitú osobu a tam si budete musieť dávať pozor na jej energiu a chrániť ju niekedy aj vlastným telom, aby vám cestou neumrela. Celkovo je design levelov veľmi pekný, postavenie základní reálne, podobné strategickej sérii, plus samozrejme všetky budovy prepchaté vojakmi od základov až po stráže pred bránami. V niektorých leveloch si môžete všimnúť aj automatické opravovanie nepriateľských budov, výrobu stále nových jednotiek. Často budete robiť predvoj útočnej línii a eliminovať nebezpečné budovy nepriateľa skôr, ako prídu na dostrel vaše jednotky. A nemyslite si, že ste na bojovom poli sám, nad hlavami vám stále lietajú výsadkové helikoptéry, útočné a prepravné lietadlá, či už vaše alebo nepriateľov, ktoré zaisťujú  ostatné pozície, kým vy plníte svoje úlohy.