Prototype 3 bol vo vývoji, z projektu ale nakoniec nič nebude

Posledná hra v sérii, Prototype 2, vyšla ešte v roku 2012 na PC a vtedajšiu generáciu konzol. V hre ste sa zhostili úlohy vírusom nakazeného Jamesa Hellera, u ktorého vírus spôsobil rad mutácií a premenil ho na zbraň. V ceste za pomstou za stratu rodiny ste sa vydali na cestu nájsť protagonistu prvej hry Alexa Mercera.

Práce na tretej časti začali prakticky okamžite po vydaní druhého dielu, hra sa mala objaviť buď tesne na konci vtedajšej generácie konzol, alebo už ako launch titul pre novú generácii. Bohužiaľ predaje Prototype 2 nenaplnili očakávanie Activision, a tak sa vydavateľ rozhodol práce na hre ukončiť. V júli minulého roka sa na internete objavilo akurát niekoľko obrázkov z hry.